W równoległym i współbieżnym procesie zmieniało się także traktatowe umocowanie parlamentów narodowych.
Zarówno w Traktacie ustanawiającym Europejską Wspólnotę Węgla i Stali, jak i w późniejszych Traktatach Rzymskich, ograniczenie kompetencji parlamentów narodowych do stanowienia prawa krajowego w pewnych zakresach zrekompensowano, włączając je pośrednio w polityczną strukturę Wspólnot Europejskich poprzez powołanie Europejskiego Zgromadzenia Parlamentarnego, złożonego z delegatów parlamentów narodowych, wybieranych przez nie lub powoływanych przez ich przewodniczących w ramach wyznaczonych kwot narodowych.
Zgromadzeniu temu, które poprzez obyczaj, bez podstawy traktatowej, w początkach lat sześćdziesiątych zmieniło nazwę na Parlament Europejski, wyznaczono kompetencje kontrolne wobec Wysokiej Władzy, Rady i Komisji, oraz opiniodawcze i doradcze, realizowane przez konsultacje. Istotne znaczenie miało wspomniane już określenie deputowanych europejskich jako przedstawicieli narodów, a nie państw.
Parlamenty narodowe zostały jednak wyprowadzone z struktury instytucjonalnej Wspólnot Europejskich na mocy Jednolitego aktu europejskiego i wcześniejszych bezpośrednich wyborów do Parlamentu Europejskiego. Pozostały im oczywiście ich zasadnicze uprawnienia do zatwierdzania kolejnych rewizji traktatów i wdrażania przez akty prawa krajowego prawa wspólnotowego, ale źródłem ich władzy były narodowe porządki konstytucyjne, a nie postanowienia traktatowe.
Ponowne wbudowanie parlamentów narodowych w strukturę instytucjonalną Unii Europejskiej nastąpiło na mocy Traktatu z Maastricht i związane było z mocnym przywołaniem zasady demokratycznej zarówno w preambule, jak i w art. F. Obowiązek poszanowania przez Unię tożsamości narodowej odnosił się bowiem do państw, „których systemy rządu opierają się na zasadach demokracji”. Dotąd przyjmowano milcząco za oczywiste, że państwa członkowskie muszą być państwami demokratycznymi, ale po raz pierwszy zasada ta znalazła umocowanie traktatowe, co było jednym z kroków przygotowujących rozszerzenie Unii (wymóg instytucji zapewniających stabilne funkcjonowanie demokracji w kryteriach kopenhaskich z 1993 roku oraz późniejsze zapisy Traktatu z Amsterdamu). Skoro jednak demokracja w państwach członkowskich stawała się traktatową zasadą Unii, trudno było, by kluczowa, niejako „definicyjna”, instytucja demokracji przedstawicielskiej, czyli parlamenty narodowe w państwach członkowskich, nie miały żadnego miejsca w politycznej strukturze Unii.
Stąd deklaracja o roli parlamentów narodowych, dołączona do Traktatu z Maastricht i protokół w tej samej kwestii do Traktatu z Amsterdamu. Deklaracja z Maastricht w sposób miękki wyrażała wolę państw członkowskich włączenia parlamentów narodowych w strukturę instytucjonalną Unii. Uznano, że ważne jest zachęcanie parlamentów narodowych do większego uczestnictwa w działalności Unii Europejskiej, i zalecono intensyfikację wymiany informacji między parlamentami narodowymi a Parlamentem Europejskim. Zobowiązano rządy państw członkowskich do tego, by czuwały nad tym, by parlamenty narodowe mogły dysponować propozycjami prawodawczymi Komisji w czasie pozwalającym na ich poinformowanie i ewentualne zbadanie propozycji. Odnotować też warto, że Traktat z Maastricht w deklaracji nr 14 zaprojektował jeszcze jedno narzędzie usytuowania parlamentów narodowych w ramach Unii: Konferencję Parlamentów nazwaną Asyzami. Konferencja międzyrządowa zachęcała Parlament Europejski i parlamenty narodowe do zbierania się w tym trybie w celu stworzenia ciała konsultacyjno-doradczego w kwestii ogólnych kierunków rozwoju Unii. Po Maastricht nigdy jednak nie doszło do takiego spotkania.
Istotne novum wprowadził protokół z Amsterdamu. Poza sprecyzowaniem i konkretyzacją „miękkich” zapisów poprzedniej deklaracji, ustanowił on na podstawie traktatowej bezpośrednią łączność między Komisją Europejską a parlamentami narodowymi. Komisja została zobowiązana do pilnego przekazywania parlamentom dokumentów konsultacyjnych swego autorstwa (białych i zielonych ksiąg); adresatem propozycji prawodawczych Komisji nadal były rządy, ale nałożono na nie obowiązek przekazywania im tych propozycji w takim terminie, by władze wykonawcze miały możliwość zapoznania się z opinią swoich parlamentów na ich temat, a parlamenty – czas na jej sformułowanie. Oznaczało to demokratyzację stanowienia unijnego prawa na poziomie narodowym, a zasady, formy i tryb aktywności parlamentów narodowych w tej kwestii określało prawo krajowe państw członkowskich. Niemniej w obowiązującej dotąd zasadzie, że to rządy państw członkowskich pośredniczą między parlamentami narodowymi a instytucjami wspólnotowymi, dokonany został pewien wyłom. Ponadto stosowny protokół do Traktatu zaliczył do traktatowo umocowanych instytucji unijnych COSAC – Konferencję Komisji do Spraw Unijnych Parlamentów Unii Europejskiej.
Zasadniczy przełom nastąpił dzięki pracom Konwentu Europejskiego, przygotowującego Traktat Konstytucyjny. Choć traktat ten nie wszedł w życie, to zawarte w nim rozwiązania dotyczące parlamentów narodowych zostały powielone z pewnymi zmianami (na korzyść parlamentów) w Traktacie z Lizbony, w którym zasada pomocniczości została wprost powiązana z parlamentami narodowymi, a parlamentom narodowym przypisano rolę „sygnalisty” (whistleblower), który może uruchomić mechanizm wczesnego ostrzegania.
Jednakże już przed Traktatem z Lizbony, w okresie „refleksyjnym”, doszło do ważnej inicjatywy unijnej. Po odrzuceniu traktatu konstytucyjnego w referendach we Francji i Holandii (maj-czerwiec 2005 roku), w maju 2006 Komisja z inicjatywy swego przewodniczącego J.M.Barroso wystąpiła z pozatraktatową inicjatywą „dialogu politycznego” w celu stworzenia nowej, nieformalnej, gęstej i rozbudowanej sieci relacji z parlamentami narodowymi1. Rok po porażce Traktatu konstytucyjnego, Komisja wystąpiła z inicjatywą, której celem była polityzacja procesu decyzyjnego w Unii poprzez włączenie do niego parlamentów narodowych, i ograniczenie luki między polityką europejską a politykami krajowymi. Komisja zwróciła się do parlamentów krajowych, by kierowały do niej opinie, komentarze i zastrzeżenia w kwestii jej inicjatyw prawodawczych już na wczesnym etapie ich powstawania (zielone i białe księgi) i zobowiązała się do odpowiedzi na nie. Komisja zobowiązała się także do przesyłania bezpośrednio parlamentom wszystkich swoich dokumentów związanych z propozycjami prawodawczymi (późniejszy Traktat z Lizbony uczynił z tego traktatowy obowiązek Komisji). Inicjatywa Komisji oznaczała stworzenie parlamentom możliwości bezpośredniego, bez zapośredniczenia przez ich rządy, uczestnictwa w unijnym procesie decyzyjnym, a rządy straciły monopol na reprezentację i obronę interesów narodowych w procesie formułowania polityk unijnych.
Po Traktacie z Lizbony „dialog polityczny” wyróżnia się szerszym zakresem kwestii, które mogą być podnoszone przez parlamenty; o ile protokół nr 1 ogranicza zakres kompetencji parlamentów do zasady pomocniczości, to „dialog” obejmuje zarówno treść inicjatyw Komisji, jak i ich odniesienie do zasady proporcjonalności, powierzenia, legalności i solidarności. Różnica polega na tym, że zastrzeżenia parlamentów co do zasady pomocniczości, które uruchamiają w ramach mechanizmu wczesnego ostrzegania „żółtą kartkę”, traktatowo wymuszają na Komisji określoną reakcję, natomiast na zastrzeżenia i uwagi w ramach politycznego dialogu Komisja odpowiada z racji politycznego zobowiązania, a nie traktatowego obowiązku2.
W rozważaniach o politycznych konsekwencjach inicjatywy „dialogu politycznego” stawiano pytanie, czy jest to dekoracja wystawy sklepowej czy impuls demokratyczny3. Dziś nie sposób na nie jasno odpowiedzieć. Niewątpliwie inicjatywa ta doprowadziła do większego zaangażowania parlamentów w sprawy formułowania polityk unijnych oraz lepszego poinformowania parlamentów w tych kwestiach. Pomiędzy 2006 a 2016 rokiem parlamenty w jej ramach skierowały do Komisji ponad 4000 opinii. Z drugiej strony w literaturze tematu nie sposób znaleźć dowodów na to, że ta imponująca aktywność parlamentów wywarła na Komisję jakiekolwiek wpływ, ani też, że nie wywarła żadnego wpływu. Jak ocenia to dokument studium służb Parlamentu Europejskiego: „Po ponad dziesięciu latach można sformułować pozytywną ocenę inicjatywy Komisji; szczególnie pozytywnie należy ocenić to, że wciąż ona funkcjonuje”4. Jest to podsumowanie raczej skromne.
Jak już wspomniano, rola, jaką parlamentom narodowym przypisuje Traktat z Lizbony jest węższa co do zakresu niż inicjatywa „dialogu politycznego” (obejmuje wyłącznie zasadę pomocniczości), ale za to jest prawnie wiążąca.
Na mocy art. 5 ust. 3 akapit drugi i art. 12 lit. b) TUE parlamenty narodowe czuwają nad przestrzeganiem zasady pomocniczości zgodnie z procedurą przewidzianą w protokole nr 2. Procedura ta („wczesne ostrzeganie” ex ante) przewiduje, że każdy parlament narodowy lub każda izba parlamentu narodowego ma osiem tygodni, licząc od dnia przekazania projektu aktu ustawodawczego, na skierowanie do przewodniczących Parlamentu Europejskiego, Rady i Komisji uzasadnionej opinii zawierającej powody, dla których uznaje, że dany projekt narusza zasadę pomocniczości. Gdy uzasadnione opinie zostaną wyrażone co najmniej jedną trzecią głosów, przyznanych parlamentom narodowym (po jednym głosie na każdą izbę w parlamentach dwuizbowych i po dwa głosy na parlamenty jednoizbowe), projekt wymaga ponownej analizy („żółta kartka”). Instytucja, od której pochodzi projekt aktu ustawodawczego, może postanowić, że utrzyma, zmieni lub wycofa projekt aktu, uzasadniając tę decyzję. Próg ten obniżony jest do jednej czwartej głosów w przypadku tekstów odnoszących się do przestrzeni wolności, bezpieczeństwa i sprawiedliwości. Gdy w ramach zwykłej procedury ustawodawczej co najmniej zwykłą większością głosów przyznanych parlamentom państw członkowskich zostanie zakwestionowana zgodność wniosku ustawodawczego z zasadą pomocniczości, a Komisja postanowi nie wycofywać swojego wniosku, sprawę kieruje się do prawodawcy (Parlamentu Europejskiego i Rady), który wypowiada się w pierwszym czytaniu. Jeśli prawodawca uzna, że wniosek ustawodawczy nie jest zgodny z zasadą pomocniczości, może odrzucić go większością głosów wynoszącą 55 proc. członków Rady lub większością głosów oddanych w Parlamencie Europejskim („pomarańczowa kartka”).
Traktat z Lizbony wyróżnił parlamenty narodowe jednak także w inny sposób w związku z postanowieniami, które przewidywały uproszczoną, czy też „pomostową” zmianę traktatów bez zwoływania konferencji międzyrządowej. Zgodnie z art. 12 pkt d, parlamenty narodowe „uczestniczą w procedurach zmiany Traktatów, zgodnie z artykułem 48 niniejszego Traktatu”, co oznacza, że w przypadku uproszczonej zmiany traktatów „wszelkie inicjatywy podejmowane przez Radę Europejską (…) są przekazywane parlamentom narodowym. W przypadku gdy parlament narodowy notyfikuje swój sprzeciw w terminie sześciu miesięcy od takiego przekazania, decyzja, o której mowa (…) nie zostaje przyjęta. W przypadku braku sprzeciwu Rada Europejska może przyjąć taką decyzję”.
Proces ratyfikacyjny Traktatu z Lizbony doprowadził do jeszcze większego umocnienia parlamentów narodowych w realnej, choć pozatraktatowej, strukturze politycznej Unii. Przesądził o tym wyrok niemieckiego Federalnego Trybunału Konstytucyjnego (dalej także: FTK) z czerwca 2009 roku w sprawie zgodności Traktatu z Lizbony z Ustawą zasadniczą RFN. FTK uznał zasadniczo zgodność Traktatu z Ustawą zasadniczą, ale zakwestionował taką zgodność w przypadku ustawy o rozszerzeniu i umocnieniu praw Bundestagu i Bundesratu w sprawach Unii Europejskiej. Do czasu uchwalenia nowej ustawy, prezydent RFN nie miał prawa podpisać uchwalonej przez Bundestag ratyfikacji Traktatu. FTK jednocześnie sformułował swoiste wytyczne odnośnie zmian w ustawie. FTK uznał, że gwarancja niezgłoszenia sprzeciwu wobec uproszczonej zmiany traktatów w terminie sześciomiesięcznym nie czyni zadość Ustawie zasadniczej RFN, i w przypadku zmiany „pomostowej” zgoda na nią rządu RFN w Radzie Europejskiej wymaga też uprzedniej zgody Bundestagu w formie uchwały popartej przez co najmniej 2/3 głosujących. Prezydent RFN wstrzymał się z podpisaniem ustawy, ratyfikującej traktat z Lizbony, do czasu uchwalenia nowelizacji ustawy o udziale Bundestagu i Bundesratu w sprawach Unii Europejskiej, która wyszła naprzeciw zaleceniom FTK5.
Wyrok FTK i zmiana stosownej ustawy przez niemiecki parlament były szeroko recypowane w krajach członkowskich Unii Europejskiej. Znaczną część argumentów z uzasadnienia wyroku FTK recypował polski Trybunał Konstytucyjny w wyroku z 10 listopada 2010 roku. Co więcej, polski parlament w przypadku „pomostowej” zmiany traktatów uznał w tzw. ustawie kooperacyjnej, że zgoda na nią wymaga specjalnej procedury z udziałem prezydenta, Rady Ministrów i parlamentu. Brak ustawy lub niepodjęcie decyzji przez prezydenta obliguje przedstawiciela RP do opowiedzenia się za odrzuceniem aktu prawnego UE.